起動オプション
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このオプションを用いると常駐モードで起動されます。常駐モードはタスクトレイにアイコンを常に置き、ウィンドウを閉じても常駐を解除しない限り終了されなくなります。当然ですが、高速化されます。IEなどの比じゃない速度です。閉じるボタンが最小化ボタンになったと思えば良いと思います。ショートカットやランチャで起動する際などに設定するものです。
個人的には常駐モードが切り難い(デフォルトではタスクトレイ上のアイコンで変更するか、メインメニューのツールから変更)のが駄目なような気もします。(メインメニューにコマンドをセットすればいいだけの話ですが)